Judul lagu "Nina Bobo" diambil dari nama seorang anak blasteran Indonesia-Belanda bernama Hele nina Mustika Van Rodjnik yang lahir pada tahun 1871. Ibunya adalah orang jawa asli bernama Mustika. Sedangkan bapaknya adalah seorang kapten yang bernama Van Rodjnik.
Sejak bayi Hele Nina selalu mengalami kesulitan tidur, setiap kali hendak tidur ia selalu berontak-berontak dan menangis. Karenanya, Ibu Hele Nina, Mustika kemudian mencoba memberikan senandung-senandung kecil untuk menenangkannya sehingga Hele Nina bisa tertidur. Tapi lama kelamaan Hele Nina malah seperti terbiasa dengan senandung tersebut. Ia tidak akan bisa tidur apabila tidak dinyanyikan lagu tersebut.
Karena kebiasaan ini, Kapten Van Rodjnik kemudian meminta kepada istrinya untuk dibuatkan lirik dari lagu tersebut, agar Hele Nina dan Van Rodjnik bisa mengerti. Akhirnya dibuatlah lirik lagu Nina Bobo seperti yang sering kita dengar sekarang ini.
Di tahun 1875, Hele Nina menderita sakit parah. Karena sakit yang dideritanya itu Hele Nina menjadi susah tidur. Sakit Helenin berkepanjangan, setiap malam ibunya terus-terusan menyanyikan lagu "Nina Bobo" agar Hele Nina bisa tertidur. Hingga akhirnya pada tahun 1878 Hele Nina meninggal dunia. Pada saat itu ia berusia 6 tahun. Keluarga Van Rodjnik bersedih, ibunya tampak terpukul dan tidak terima dengan kepergian anaknya tersebut.
Seminggu setelah kematian Hele Nina, Kapten Van Rodjnik mendapati Mustika tengah menyanyikan lagu "Nina Bobo" tersebut di kamar mandi. Suaranya menggema hingga terdengar ke seluruh penjuru rumah. Setelah ditanya oleh Kapten Van Rodjnik, Mustika kemudian menjawab bahwa ia mendengar Hele Nina menangis di kamar mandi sehingga ia berinisiatif untuk menyanyikan lagu "Nina Bobo" tersebut.
Pasca kejadian itu Mustika menjadi sering menyanyikan lagu "Nina Bobo" tersebut. Setiap malam ia menyanyikan lagu itu, bertahun-tahun lamanya. Hingga akhirnya Mustika pun meninggal dunia.
Setelah Mustika dan Hele Nina meninggal Kapten Van Rodjnik pun hidup seorang diri. Ia mengaku sering mendengar suara bayi sedang menangis, tapi dia tidak terlalu memperdulikannya dan bergegas tidur. Beberapa kali juga dia selalu terbawa mimpi tentang anak kecil yang sedang menangis. Sampai puncaknya di suatu malam, Kapten Van Rodjnik mendengar suara anak kecil sedang menangis lagi. Tapi sekali lagi dia tidak terlalu memperdulikannya dan bergegas tidur.
Akhirnya pada suatu malam Kapten Van Rodjnik yang tengah tertidur pulas tiba-tiba kaget ketika mendapati ada tangan seorang anak kecil kira-kira berumur 6 tahun sedang menangis dan membangunkannya. Anak kecil tersebut berkata, "Pa.... Kok Papa gak nyanyiin buat aku....??".
Pasca kejadian itu pikiran Kapten Van Rodjnik pun terganggu dan setiap malam ia selalu menyanyikan lagu "Nina Bobo" tersebut berulang-ulang hingga ia meninggal.
Konon katanya ketika anda menyanyikan lagu ini sebagai pengantar tidur anak anda yang masih bayi, tepat ketika anda meninggalkan kamar tempat anak anda tertidur. Nina akan datang ke kamar anak anda dan membuat anak anda tetap terlelap hingga keesokan paginya